Το Μουσείο κτίσθηκε το 1970 και το 1978 άνοιξε για το κοινό. Αρχιτέκτονας
του Μουσείου ο Παύλος Μυλωνάς.
Στις συλλογές περιλαμβάνονται:
Συλλογή ευρημάτων από το ιερό του Ποσειδώνα.
Συλλογή ευρημάτων από το ιερό του Παλαίμονα.
Συλλογή ευρημάτων από τον ελληνιστικό οικισμό Ράχης.
Συλλογή ευρημάτων από το αρχαίο λιμάνι των
Κεγχρεών.
Aπό τα σημαντικότερα εκθέματα του Μουσείου είναι:
- Μαρμάρινο περιρραντήριο από το ναό του Ποσειδώνα. Η λεκάνη στηρίζεται σε τέσσερις κόρες, εναλλασσόμενες με
προτομές κριών ή ταύρων (3ο τέταρτο του 7ου αιώνα π.Χ.).
- Λίθινοι αλτήρες εκ των οποίων ένας ενεπίγραφος που χρονολογείται στα μέσα του 6ου π.Χ. αιώνα.
- Δύο χάλκινα κράνη από το ιερό του Ποσειδώνα, που χρονολογούνται μεταξύ 6ου και 5ου π.Χ. αιώνα, Σκυθικού τύπου.
- Μαρμάρινη κεφαλή νέου νικητή αθλητή, ρωμαϊκών χρόνων.
- Μαρμάρινη αναθηματική στήλη νικητή των Ισθμίων που χρονολογείται στα τέλη του 2ου μ.Χ. αιώνα ή αργότερα.
- Το άνω μέρος κορμού μαρμάρινου λατρευτικού αγάλματος της Αμφιτρίτης, που ήταν τοποθετημένο μαζί με άγαλμα
του Ποσειδώνα στο ναό, εποχή Αντωνίνων, 2ος μ.Χ. αιώνας.
- Υαλοθετήματα (opus sectile) από το ναό της Ίσιδας στο λιμάνι των Κεγχρεών. 4ος αι. μ.Χ.
- Ελεφαντοστέινα διακοσμητικά πλακίδια από το αρχαίο λιμάνι των Κεγχρεών. Η χρονολόγηση τους ανάγεται στον 4ο μ.Χ. αιώνα.