Το
ανάκτορο της Ζάκρου, το τέταρτο σε μέγεθος μινωικό ανάκτορο, βρισκόταν σε ένα ασφαλές λιμάνι και στρατηγικό σημείο της ανατολικής Κρήτης, που του εξασφάλιζαν απρόσκοπτες εμπορικές ανταλλαγές και επικοινωνία με την Αίγυπτο και την Εγγύς Ανατολή. Εικάζεται μάλιστα ότι εδώ βρισκόταν μία από τις σημαντικές βάσεις του μινωικού στόλου στην Κρήτη. Η Ζάκρος μας χάρισε μερικά από τα ωραιότερα δείγματα της μινωικής τέχνης. Ο πλούτος των ευρημάτων, αλλά και οι σπάνιες πρώτες ύλες από τις οποίες ήταν φτιαγμένα, όπως το ελεφαντοστό, η φαγεντιανή και ο χαλκός, μαρτυρούν το εύρος και το δυναμισμό της οικονομίας του ανακτόρου της Ζάκρου, αλλά και τη σημασία του ως διοικητικό και λατρευτικό κέντρο της περιοχής.
Η πρώτη αναφορά για τα ερείπια της Ζάκρου απαντά στο βιβλίο
Travels in Crete του Άγγλου ναυάρχου και περίφημου περιηγητή των μέσων του 19ου αι., Τh. Spratt. Πριν τα μέσα του 20ού αι. μεγαλύτερης ή μικρότερης κλίμακας ανασκαφές διενήργησαν στην περιοχή Ιταλοί και Άγγλοι αρχαιολόγοι, μεταξύ αυτών και ο ανασκαφέας της Κνωσού, Sir Arthur Evans. Αν και οι έρευνες πλησίασαν στα όρια του ανακτόρου, η αποκάλυψή του, όπως και της γύρω μινωικής πόλης, έμελλε να γίνει από τον καθηγητή Ν. Πλάτωνα, ο οποίος ξεκίνησε τη σειρά των συστηματικών ανασκαφών του το 1961.
Όπως και τα άλλα μινωικά ανακτορικά συγκροτήματα, το
ανάκτορο στην άκρη της μικρής κοιλάδας της Κάτω Ζάκρου πρωτοχτίστηκε στα 1900 π.Χ., ενώ τα ερείπια που σώζονται σήμερα ανήκουν στη δεύτερη οικοδομική του φάση, τη λεγόμενη νεοανακτορική, του 1600 π.Χ. Καταστράφηκε ολοσχερώς από πυρκαγιά γύρω στα 1450 π.Χ. και δεν ξανακατοικήθηκε, ακολουθώντας τη μοίρα των υπόλοιπων μινωικών κέντρων.
Με συνολική έκταση πάνω από 8.000 τ.μ., το ανάκτορο της Ζάκρου είναι πέντε φορές μικρότερο από εκείνο της Κνωσού, η
κάτοψή του, όμως, ακολουθεί το βασικό σχέδιο των άλλων μινωικών ανακτόρων. Η κύρια είσοδος στο ανάκτορο της Ζάκρου βρισκόταν στα βορειοανατολικά του κι εδώ κατέληγε ο μεγάλος πλακόστρωτος δρόμος που ξεκινούσε από το λιμάνι. Από την κεντρική πύλη του ανακτόρου ένας κλιμακωτός διάδρομος κατηφόριζε ως την αυλή. Η
κεντρική αυλή, που αποτελεί και τον πυρήνα του συγκροτήματος, περιστοιχίζεται από τέσσερις πτέρυγες κτιρίων, κάποτε πολυώροφων και τοιχογραφημένων. Η πυκνή και περίπλοκη διάταξη των 300 συνολικά διαμερισμάτων υπενθυμίζει εύγλωττα πώς γεννήθηκε στο νησί της Κρήτης ο μύθος του λαβύρινθου.
Η δυτική πτέρυγα αποτελούσε τον κατ' εξοχήν χώρο λατρείας. Από έναν προθάλαμο υποδοχής έμπαινε κανείς στη μεγαλόπρεπη
αίθουσα τελετουργιών, όπου βρέθηκαν τα δύο περίφημα σπονδικά αγγεία, το
ρυτό σε σχήμα ταυροκεφαλής και το
ρυτό με την ανάγλυφη απεικόνιση ιερού κορυφής. Ανάμεσα στα ευρήματα υπήρχαν ακόμη μεγάλα χάλκινα πριόνια με μήκος που έφτανε ως 1.70 μ. και τα οποία χρησιμοποιούσαν δύο άνθρωποι μαζί. Η αίθουσα τελετουργιών οδηγεί στην αποκαλούμενη
αίθουσα των συμποσίων, ενώ στο κέντρο του δυτικού τμήματος της πτέρυγας βρισκόταν το κυρίως ιερό με την τυπική
δεξαμενή καθαρμών και το
θησαυροφυλάκιο, το μοναδικό του μινωικού κόσμου που βρέθηκε ασύλητο κι έδωσε μια μεγάλη συλλογή από αριστουργηματικά
τελετουργικά σκεύη. Μια εξαιρετικά σημαντική όσο και σπάνια ανακάλυψη επεφύλασσε ο χώρος φύλαξης των ανακτορικών αρχείων, το
αρχειοφυλάκιο, όπου χάρη στη φωτιά ψήθηκαν και διατηρήθηκαν 13 πινακίδες της Γραμμικής Α΄, τοποθετημένες σε πήλινα κιβωτίδια πάνω σε ράφια. Σε μεταγενέστερη οικοδομική φάση φαίνεται πως προστέθηκαν τα εργαστήρια της δυτικής πτέρυγας, που αποτελούσαν το βιοτεχνικό τομέα του ανακτόρου. Εικάζεται μάλιστα ότι εδώ υπήρχε και εγκατάσταση για βαφείο.
Στην ανατολική πτέρυγα συγκεντρώνονταν οι διοικητικές λειτουργίες του ανακτόρου και εδώ τοποθετούνται τα λεγόμενα βασιλικά διαμερίσματα, το
διαμέρισμα της βασίλισσας και το
διαμέρισμα του βασιλιά, η μεγαλύτερη αίθουσα του ανακτόρου. Στην πλευρά αυτή βρέθηκε και μία κατασκευή που δεν έχει το παράλληλό της στη μινωική αρχιτεκτονική. Πρόκειται για την
αίθουσα της δεξαμενής, έναν μεγάλο τετράγωνο χώρο με στρογγυλή υπαίθρια δεξαμενή στο κέντρο του, όπου συλλέγονταν τα νερά πηγής. Πέντε τουλάχιστον κίονες, τοποθετημένοι κυκλικά, περιστοίχιζαν τη δεξαμενή, που η διάμετρός της έφτανε τα 7 μ. και στην οποία μπορούσε να κατεβεί κανείς από οκτώ σκαλοπάτια, που διατηρούνται ακόμη. Στα νότιά της υπήρχε υπόγεια κρήνη και δυτικότερα ένα κτιστό πηγάδι, χώροι που είχαν ασφαλώς σχέση με την ύδρευση του ανακτόρου.
Στο νερό του πηγαδιού διατηρήθηκαν τα ξύλα του μαγγάνου, αλλά και ένα κύπελλο γεμάτο ελιές, ένα πραγματικά μοναδικό εύρημα.
Νότια της κεντρικής αυλής υπάρχει ένα μικρό συγκρότημα εργαστηρίων, όπου παρασκεύαζαν, μεταξύ άλλων, αρώματα από τοπικά αρωματικά βότανα. Δίπλα φαίνεται ότι υπήρχε κήπος ή άλσος. Στη βόρεια πτέρυγα, όπου σχηματιζόταν λιθόστρωτη στοά προς την αυλή με δύο ξύλινους κίονες, υπήρχε το μεγάλο κλιμακοστάσιο που οδηγούσε στον πάνω όροφο. Οι χώροι της βόρειας πτέρυγας ερμηνεύτηκαν ως βοηθητικοί των βασιλικών διαμερισμάτων. Πρόκειται για αποθήκες, λουτρική εγκατάσταση και ένα μεγάλο δωμάτιο, προσιτό από διάδρομο, που ερμηνεύεται ως μαγειρείο και το οποίο εξυπηρετούσε αίθουσα συμποσίων στον πάνω όροφο.
Γύρω από το ανάκτορο εκτεινόταν η μινωική πόλη, μάλιστα τα κοντινότερα στο ανάκτορο κτίρια αποτελούσαν προσαρτήματά του. Είναι αξιοσημείωτο ότι η πόλη είχε ρυμοτομικό σχέδιο και οδικό δίκτυο από λιθόστρωτους δρόμους. Σε κάθε οικοδομικό τετράγωνο υπήρχαν 2-4 οικίες που, όπως μαρτυρούν τα ερείπιά τους, ήταν διώροφες ή τριώροφες με πολλά δωμάτια. Πολλές από αυτές, μάλιστα, δεν είχαν είσοδο στο ισόγειο, αλλά ήταν προσιτές από καταπακτές που ανοίγονταν στον πρώτο όροφο.
Το πιο καλά κρυμμένο μυστικό της, όμως, το φύλαγε η γη της Ζάκρου μακριά από την πόλη και το ανάκτορό της. Το άγριας ομορφιάς φαράγγι που οδηγεί από την Ανω στην Κάτω Ζάκρο, με τα πολυάριθμα σπήλαια στις πλαγιές του, έγινε ο τόπος ταφής των προϊστορικών κατοίκων της περιοχής, χαρίζοντας στην αρχαιολογική σκαπάνη έναν πλούτο ευρημάτων και στον τόπο την επιβλητική ονομασία
Φαράγγι των Νεκρών.