Το 1937 κατασκευάζεται, σε απόσταση 4 χμ. από την ομόνυμη πόλη, το αεροδρόμιο Ηρακλείου και αρχίζουν να προσγειώνονται τα πρώτα μικρά αεροπλάνα.
Αρχικά είχε μορφή μεγάλου ισοπεδωμένου αγρού και το πρώτο αεροπλάνο που προσγειώθηκε και μετέφερε επιβάτες ήταν τύπου JUNKERS-52, χωρητικότητας 14 επιβατών και ανήκε στην Ελληνική Εταιρεία Εναέριων Συγκοινωνιών. Αυτό έγινε το καλοκαίρι του 1939. Το φθινόπωρο του 1946 άρχισε πάλι να λειτουργεί η αεροπορική συγκοινωνία με αεροπλάνα τύπου DC - 3 (Ντακότες), αφού είχε διακοπεί από το 1941 λόγω του πολέμου.
Ο Αερολιμένας διέθετε υποτυπώδη μέσα εξυπηρέτησης αεροσκαφών και επιβατών. Υπήρχαν τρεις σκηνές, από τις οποίες τη μία χρησιμοποιούσε η Διοίκηση, η άλλη ήταν τα γραφεία αεροπορικών εταιρειών και η τρίτη αίθουσα επιβατών. Για το φωτισμό του διαδρόμου χρησιμοποιούνταν λάμπες θυέλλης και ο προσδιορισμός της διεύθυνσης και της έντασης του ανέμου, για τα προς προσγείωση αεροσκάφη, γινόταν με τη βοήθεια του καπνού από το άναμμα ξερών χόρτων, δηλαδή ο καπνός έπαιζε ρόλο ανεμουρίου. Το 1947 κατασκευάστηκε ένα μικρό κτίριο για την εξυπηρέτηση των υπηρεσιών και μια μικρή αίθουσα επιβατών.
Το 1948 άρχισε αεροπορικά δρομολόγια και η εταιρεία ΕΛΛΑΣ. Το σύνολο των επιβατών που διακινήθηκαν την χρονιά εκείνη ήταν 4.000. Το 1953 κατασκευάστηκε ο διάδρομος 09-27 με αρχικό μήκος 1.850 μέτρα.
Το 1954 προσγειώθηκε για πρώτη φορά τετρακινητήριο αεροπλάνο τύπου DC-4 χωρητικότητας 64 επιβατών και ανήκε στην αεροπορική εταιρεία ΤΑΕ. Η χρησιμοποίηση τέτοιου τύπου αεροσκαφών είχε ως αποτέλεσμα την γρήγορη αύξηση της αεροπορικής κίνησης, που έφτασε τους 18.000 επιβάτες την χρονιά εκείνη.
Μετά το 1957, οπότε η νέα αεροπορική εταιρεία '' ΟΛΥΜΠΙΑΚΗ ΑΕΡΟΠΟΡΙΑ '' χρησιμοποίησε τα αεροσκάφη τύπου DC-68 των 95 θέσεων, η επιβατική κίνηση αύξανε συνεχώς μεταξύ Ηρακλείου - Αθηνών.
Ο σημερινός Αερολιμένας Ηρακλείου άρχισε να λειτουργεί σε νέα κτίρια το 1971. Έκτοτε έχουν εκτελεστεί ποικίλα έργα επέκτασης του κτηρίου και της πίστας, για να καλυφθούν οι ανάγκες της συνεχώς αυξανόμενης αεροπορικής κίνησης
Ωράριο λειτουργίας
Ο Διεθνής Αερολιμένας Ηρακλείου λειτουργεί καθόλη τη διάρκεια του χρόνου σε 24ώρη βάση, 7 ημέρες την εβδομάδα.