Το σπήλαιο εντοπίστηκε το 1958 από το ζεύγος των σπηλαιολόγων Γιάννη
και Αννα Πετροχείλου. Η αρχαιολογική αξία του σπηλαίου έγινε αντιληπτή από την
αρχή.
Το σπήλαιο Αλεπότρυπα κατοικείται τουλάχιστον από την αρχή της ΝΝ
(5300 π.Χ.), όπως προκύπτει από τα ανασκαφικά δεδομένα και τις ραδιοχρονολογήσεις
των στρωματολογικών επιχώσεων.
Η Αλεπότρυπα, με αερισμό και σταθερή θερμοκρασία 180 C, είναι μεγάλο
επίμηκες σπήλαιο στον άξονα Ανατολή-Δύση. Το σπήλαιο έχει ευρύχωρες επίπεδες αίθουσες
που διαδέχονται η μία την άλλη, με ελάχιστη υψομετρική διαφορά μεταξύ τους, πράγμα
που διευκολύνει τις μετακινήσεις των αγαθών και εξασφαλίζει τη σχετικά απρόσκοπτη
επικοινωνία των μελών της κοινότητας.
Η αρχαιολογική ανασκαφική έρευνα στην Αλεπότρυπα άρχισε το καλοκαίρι
του 1970. Το εσωτερικό του σπηλαίου, παρά τις καταστροφές και τις εκτεταμένες
αποχωματώσεις, διατηρεί μεγάλου πάχους ανθρωπογενείς επιχώσεις, οι οποίες καλύπτονται
ως επί το πλείστον από στρώμα διάχυτου σταλαγμιτικού υλικού και σταλαγμίτες.
Ο μεγάλος αριθμός λίθινων και οστέινων εργαλείων. όπως και άλλα σχετικά
ευρήματα που εντοπίστηκαν σε όλα τα στρώματα στο εσωτερικό της Αλεπότρυπας, βεβαιώνουν
για τη συστηματική άσκηση μιας σειράς εργασιών και δραστηριοτήτων του καθημερινού
βίου, όπως της υφαντικής, της κεντητικής, της κοσμητικής, της καλαθοπλεκτικής,
της κατασκευής λίθινων όπλων και εργαλείων και της μεταλλοτεχνίας, δραστηριότητες
της χειροτεχνικής εξειδίκευσης που θα μπορούσαν να γίνονται και στον εκτός της
σπηλιάς χώρο, στο φως της ημέρας, όπου αποκλειστικά εργάζονταν οι αγγειοπλάστες
και αγγειογράφοι του Διρού.
Τα ευρήματα της Αλεπότρυπας εκτίθενται στο Νεολιθικό Μουσείο του Διρού,
όπου ο επισκέπτης αποκτά μια ολοκληρωμένη εικόνα της ζωής του Νεολιθικού ανθρώπου.