Το
Μουσείο ιδρύθηκε το 1975
σε μια ειδυλλιακή αγροτική περιοχή και σε κοντινή απόσταση από τον
Τύμβο.
Τα εκθέματα καλύπτουν ένα χρονικό εύρος από την προϊστορική περίοδο έως την ύστερη ρωμαϊκή αρχαιότητα
και προέρχονται από τους ανεσκαμμένους αρχαιολογικούς χώρους - κατεξοχήν νεκροταφεία - της ευρύτερης περιοχής.
Στις συλλογές του Μουσείου περιλαμβάνονται:
Κεραμική της νεολιθικής περιόδου από το σπήλαιο του Πανός, πρωτοκυκλαδική κεραμική από το νεκροταφείο στη θέση Τσέπι και
μεσοελλαδική κεραμική από το νεκροταφείο των Βρανών.
Κεραμική γεωμετρικών έως κλασικών χρόνων από την περιοχή του Μαραθώνα.
Τα ευρήματα από τον τύμβο του Μαραθώνα.
Επιτύμβιες στήλες, αγάλματα, αναθηματικές επιγραφές και όροι ιερών, προερχόμενα από ανασκαφές της ευρύτερης περιοχής του Μαραθώνα.
Αγάλματα και αρχιτεκτονικά μέλη αιγυπτιακού ιερού (2ος αιώνας μ.Χ.).
Από τα σημαντικότερα εκθέματα του Μουσείου είναι:
Το
ιωνικό κιονόκρανο, τμήμα του τροπαίου,
που στήθηκε για τους πεσόντες Πλαταιείς μετά τη μάχη του Μαραθώνα (490 π.Χ.).
Μαρμάρινη στήλη με επιγραφές στις δύο όψεις. Στη μία όψη το κείμενο αναφέρεται πιθανόν στη μεταρρύθμιση του Κλεισθένη
και στη άλλη στον κανονισμό τέλεσης των Ηρακλείων του Μαραθώνα.
Επιτύμβιος παναθηναϊκός αμφορέας από τα Βρανά. Χρονολογείται στον 4ο αιώνα π.Χ.
΄Αγαλμα ξαπλωμένης θεότητας από το Πυθείο Οινόης.
Χρονολογείται στον 2ο αιώνα μ.Χ.
Αιγυπτιάζον άγαλμα από τον πυλώνα του αιγυπτιακού ιερού στην Μπρεξίλα.
Χρονολογείται στον 2ο αιώνα μ.Χ.
Κεφαλή του Ηρώδη Αττικού από τον Τύμβο. Χρονολογείται στον 2ο αιώνα μ.Χ.