Στις συλλογές του Μουσείου περιλαμβάνονται:
• Γλυπτά έργα των ελληνιστικών και ρωμαϊκών χρόνων, επιτύμβια ανάγλυφα, επιτύμβιοι και τιμητικοί βωμοί, πορτρέτα,
τραπεζοφόρα, αγάλματα από την πόλη της Βέροιας, αλλά και του υπόλοιπου νομού.
• Ελληνιστική κεραμική και κοροπλαστική από τα νεκροταφεία της Βέροιας.
• Αρχιτεκτονικά μέλη από οικοδομήματα των ελληνιστικών και ρωμαϊκών χρόνων (κίονες, επιστύλια, βάσεις κιόνων).
Εκτίθενται στο προαύλιο.
• Επιγραφές από τη Βέροια και τη γύρω περιοχή.
Τα σημαντικότερα εκθέματα του Μουσείου είναι: Επιτύμβια στήλη του Πατερίνου. Ψηλή ανθεμωτή στήλη με ανάγλυφη παράσταση του νεκρού Πατερίνου,
γιού του Αντιγόνου, που στέκεται όρθιος στο κέντρο. Έργο του τέλους του 2ου αιώνα π.Χ., καλό δείγμα του
τοπικού εργαστηρίου γλυπτικής. Κεφαλή Μέδουσας. Υπερμεγέθης κεφαλή που ήταν προσαρμοσμένη στη ΒΑ πύλη των τειχών της Βέροιας.
Ο προορισμός της ήταν αποτρεπτικός, δηλαδή να αποθαρρύνει τους εχθρούς της πόλης. Χρονολογείται στο πρώτο
μισό του 2ου αιώνα π.Χ. Ερυθρόμορφος κωδωνόσχημος κρατήρας ρυθμού Κερτς. Στην κύρια όψη του φέρει παράσταση σχετική με
τον κύκλο της Αφροδίτης και του Διονύσου. Μέσα 4ου αιώνα π.Χ. Χάλκινη υδρία-κάλπις. 370-360 π.Χ. Χρησιμοποιήθηκε ως τεφροδόχο αγγείο και βρέθηκε σε κιβωτιόσχημο
τάφο της Βέροιας. Χρυσά κοσμήματα από γυναικεία ταφή, 2ος αιώνας π.Χ. Ζεύγος χρυσών ενωτίων, χρυσό δακτυλίδι και χρυσό
περιδέραιο με κρίκους από χρυσό και κορναλίνη. Προτομή Όλγανου. Προτομή του ποτάμιου θεού Όλγανου, γιου του μυθικού Βέρητα και αδελφού της Μίεζας και
της Βέροιας. Ωραίο πορτρέτο του β΄ μισού του 2ου αιώνα μ.Χ. Βρέθηκε στον Κοπανό Νάουσας. Μαρμάρινο τραπεζοφόρο, 2ος αιώνας μ.Χ. Μαρμάρινο στήριγμα τραπεζιού με ανάγλυφη παράσταση του Δία, ο
οποίος με μορφή αετού απαγάγει τον Γανυμήδη. Γυμνασιαρχιακός Νόμος. Σημαντικό επιγραφικό κείμενο του πρώτου μισού του 2ου αιώνα π.Χ. Πρόκειται για
εσωτερικό κανονισμό του γυμνασίου της Βέροιας και αναφέρεται στις υποχρεώσεις των νέων που γυμνάζονταν εκεί.