Το ιερό βρίσκεται στην κορυφή πευκόφυτου υψώματος στα ΒΑ του νησιού και ξεχωρίζει για την πολύ καλή κατάσταση διατήρησης του υστεροαρχαϊκού του ναού.
Αρχικά ο χώρος ήταν αφιερωμένος στη λατρεία της τοπικής θεάς Αφαίας, που αργότερα ταυτίστηκε με την Αθηνά. Ευρήματα των προϊστορικών χρόνων - μεταξύ των οποίων ξεχωρίζουν τα ειδώλια γυναικείας θηλάζουσας μορφής - οδηγούν στο συμπέρασμα ότι λατρεία υπήρχε ήδη από τα χρόνια αυτά, ίσως από τις αρχές της 2ης χιλιετίας π.Χ. Η σημαντικότερη περίοδος ακμής του ιερού - όπως πιστοποιούν τα αναθήματα και, ιδιαίτερα, η έντονη οικοδομική δραστηριότητα- σημειώνεται κατά τα αρχαϊκά χρόνια.
Στα τέλη της περιόδου αυτής, περί το 500 π.Χ. και λίγο μετά, ο χώρος αποκτά τη μνημειώδη αρχιτεκτονική μορφή που είναι και σήμερα ορατή. Ισοπεδώνεται με την κατασκευή ισοδομικών αναλημμάτων, για τη στήριξη των χωμάτων, και κατασκευάζεται ο ναός, ο βωμός, το πρόπυλο και κάποιας δευτερεύουσας σημασίας οικοδομήματα. Μία μικρότερη περίοδος ακμής, που σημειώνεται κατά τα μέσα του 4ου αιώνα, άφησε τα ίχνη της στη νέα διαμόρφωση του βωμού και την κατασκευή νέων κτιρίων στα ΝΑ του τεμένους. Η κεραμική των μεταγενέστερων χρόνων δηλώνει μικρή μόνο δραστηριότητα μέχρι τις αρχές του 1ου π.Χ. αιώνα, οπότε το ιερό παρακμάζει οριστικά.
Εντούτοις, αναφέρεται ακόμη από τον περιηγητή Παυσανία το 2ο μ.Χ. αιώνα. Αργότερα -ίσως τον 3ο μ.Χ αιώνα- αφαιρέθηκαν οι μεταλλικοί σύνδεσμοι, που συγκρατούσαν τα αρχιτεκτονικά μέλη του ναού, και τμήματά του κατέρρευσαν. Η θέση του, όμως, παρέμεινε γνωστή.
Το 1811 ο Αγγλος Cockerell και ο Γερμανός von Hallerstein λεηλάτησαν τα γλυπτά των αετωμάτων στο εξωτερικό, όπου και πουλήθηκαν στο Λουδοβίκο Α΄της Βαυαρίας. Σήμερα βρίσκονται στη Γλυπτοθήκη του Μονάχου.
Οι πρώτες συστηματικές αρχαιολογικές έρευνες άρχισαν το 1901 από το Γερμανό Ad. Furtwaengler. Μία δεύτερη περίοδος εκτεταμένης έρευνας διήρκεσε από το 1966 έως το 1979 υπό τη διεύθυνση του Γερμανού D. Ohly και συνεχίστηκε από τους συνεργάτες του μέχρι το 1988.
Ο ναός της Αφαίας
Στο χώρο δεσπόζει ο επιβλητικός ναός, που κτίστηκε περί το 500 π.Χ. Ένας προγενέστερος ναός, που υπήρχε στο ίδιο σημείο και κτίστηκε εντός του 6ου αιώνα, καταστράφηκε από πυρκαϊά περί το 510 π.Χ. Ήταν πώρινος περίπτερος δωρικός με 6Χ12 κίονες. Τα κατεστραμμένα αρχιτεκτονικά του μέλη καταχώθηκαν κατά την κατασκευή του τεχνητού ανδήρου, επί του οποίου ανεγέρθη ο νέος ναός. Και αυτός είναι δωρικός περίπτερος με 6Χ12 κίονες. Πρόναος και οπισθόδομος καταλήγουν σε δύο κίονες μεταξύ παραστάδων και ο σηκός χωρίζεται σε τρία κλίτη με δύο δίτονες κιονοστοιχίες αποτελούμενες από πέντε δωρικούς κίονες η κάθε μία. Οι διαστάσεις του ναού στο στυλοβάτη είναι 13,77Χ28,81 μ. και είναι κατασκευασμένος από τοπικό πωρόλιθο. Η πορώδης επιφάνεια απαίτησε τη χρήση επιχρίσματος, που κάλυψε όλο το οικοδόμημα εκτός από την κρηπίδα.
Στο εσωτερικό του ναού φυλασσόταν το χρυσελεφάντινο άγαλμα της θεάς, για την προστασία του οποίου προστέθηκαν κιγκλιδώματα σε πρόναο και οπισθόδομο. Τα αετώματα και τα ακρωτήρια του ναού κατασκευάστηκαν από παριανό μάρμαρο. Είναι έργα εξαιρετικής ποιότητας και ανήκουν στον αυστηρό ρυθμό, στα χρόνια της μετάβασης μεταξύ των αρχαϊκών και των κλασικών χρόνων, στις αρχές του 5ου αιώνα π.Χ. Και στα δύο αετώματα η Αθηνά καταλαμβάνει το κέντρο, ενώ οι υπόλοιπες μορφές ανήκουν σε συμπλεκόμενους πολεμιστές. Πιστεύεται ότι στο ανατολικό αέτωμα απεικονίζεται η παλαιότερη εκστρατεία του Ηρακλή κατά της Τροίας και στο δυτικό η γνωστή εκστρατεία των Ελλήνων με αρχηγό τον Αγαμέμνονα. Ο ναός έχει αναστηλωθεί και σε ορισμένα σημεία διατηρείται μέχρι και το θριγκό.
Το κείμενο παρατίθεται από τον κόμβο Οδυσσεύς του Υπουργείου Πολιτισμού και Αθλητισμού
