Το Μουσείο στεγάζεται στο Ναό της Θεοτόκου "Κυρα Αντιβουνιώτισσα",
ένα από τα παλαιότερα και σημαντικότερα μεταβυζαντινά μνημεία της Κέρκυρας. Ο ναός κτίστηκε πριν το τέλος του 15ου αι., ανήκει δε στον
τύπο της Επτανησιακής Βασιλικής.
Το 1979 οι κτήτορες-ιδιοκτήτες του ναού, οικογένειες Αλαμάνου, Μυλωνόπουλου, Ριζικάκη και Σκάρπα παραχωρούν με δωρεά στο Ελληνικό Δημόσιο το συγκρότημα της Αντιβουνιώτισσας, για να λειτουργήσει ως Μουσείο, το οποίο εγκαινιάζεται το 1984. Μια δεκαετία αργότερα ολοκληρώνεται η αναστήλωση του μνημείου και το 2000 η τελική επανέκθεση
της συλλογής Μεταβυζαντινών
εικόνων
και κειμηλίων.
Στην πλειοψηφία τους τα εκθέματα προέρχονται από το ναό της Αντιβουνιώτισσας, καθώς και από την παλιά Χριστιανική Συλλογή του Σινοϊαπωνικού Μουσείου (σημερινό Μουσείο Ασιατικής Τέχνης).
Στα σημαντικότερα εκθέματα του μουσείου συγκαταλέγονται:
- Εικόνα της Θεοτόκου Οδηγήτριας.
Η Παναγία εικονίζεται βρεφοκρατούσα στο γνωστό κωνσταντινοπολίτικο εικονογραφικό τύπο της Οδηγήτριας. Στις επάνω γωνίες εικονίζονται οι αρχάγγελοι Γαβριήλ, Μιχαήλ σε προτομή. Τέλος 15ου αι.
- Εικόνα των Αγίων Σέργιου, Βάκχου και Ιουστίνας.
Οι Άγιοι εικονίζονται ολόσωμοι να ποδοποτούν τρικέφαλο δράκοντα. Η εικόνα, έργο του Μιχαήλ Δαμασκηνού, αποτελεί αναφορά στη νίκη των Ευρωπαϊκών Δυνάμεων
στη ναυμαχία της Ναυπάκτου το 1571.
- Εικόνα του Αγίου Δημητρίου.
Ο Άγιος εικονίζεται έφιππος, μπροστά από την Θεσσαλονίκη. Έργο του τέλους του 16ου ή των πρώτων δεκαετιών του 17ου αιώνα.
- Εικόνα του Αγ. Κυρίλλου Αλεξανδρείας.
Ο Άγιος εικονίζεται ολόσωμος, μετωπικός με πλούσια άμφια. Έργο του Εμμανουήλ Τζάνε που χρονολογείται στα 1654.
- " Μή μου άπτου".
Εικονίζεται η συνάντηση του Χριστού και της Μαρίας Μαγδαληνής μετά την Ανάσταση. Έργο του Εμμανουήλ Τζάνε που χρονολογείται στα 1657.
