Στα ερείπια αρχαίας Μονής, προς τιμήν του Γεννέσιου της Θεοτόκου,
το έτος 1566, οι κατά σάρκα αδερφοί - μοναχοί Ιάκωβος και Μακάριος άρχισαν την
ανέγερση νέας Μονής, στην όμορφη τοποθεσία σε ύψος 458μ. από τη θάλασσα. Η Μονή
που ειναι γνωστή με τις προσωνυμίες "Κοκκαριανή" (από το χωριό Κοκκάρι), ή του
"Βροντά" (παραφθορά του Γροντά - πλούσιας οικογένειας που έδωσε το όνομά της σε
περιοχή μεταξύ Κοκκαρίου και Βαθέως), ή "Βροντιανή", επειδή "κατά τα πρωτοβρόχια,
την εποχή που γιορτάζει ο ναός της Μονής, οι βροντές αντηχούν πολύ δυνατά στις
κορυφές" της Λουλούδας και του Λαζάρου, νότια του Μοναστηρίου.
Το κτιριακό συγκρότημα είναι τετράγωνο, τα κελιά χτισμένα με θολωτές
αψίδες και πάνω από την βορεινή πλευρά βρίσκεται το κωδονοστάσι. Μαρμάρινη πλάκα
με δικέφαλο αετό και δικέφαλα φίδια μας πληροφορεί ότι οικοδομήθηκε "δια συνδρομής
του πανοσιώτατου αγίου καθηγούμενου εξ αυτής της Μονής του κυρίου Γαβριήλ προσκυνητού
20 Ιουλίου 1812". Ως προς το καθολικό, ρυθμού βασιλικής με τρούλλο, σημειώνεται
ότι παρουσιάζει την ιδιοτυπία ο τοίχος του Ιερού Βήματος του "να εισχωρεί εβδομήντα
εκατοστά στην ανατολική πτέρυγα της Μονής".
Από την εικονογράφηση του Καθολικού σώζονται μικρά τμήματα στο ιερό
Βήμα και σε δύο από τα τόξα του τρούλλου. Ωραιότατο είναι το ξυλόγλυπτο εικονοστάσιο,
επιχρυσωμένο, με διακοσμήσεις παραστάσεων από την Αγία Γραφή. Στη Στεφάνη της
Ωραίας Πύλης οι τέσσερις ευαγγελιστές και στο μέσον η Αγία Τριάς. Έργα του 18ου
και 19ου αιώνος είναι οι φορητές εικόνες του, των Ζωγράφων Πολύδωρου Σμυρναίου
(1883), Ιάκωβου καθηγουμένου (1777) κ.λπ. Ξυλόγλυπτος και επιχρυσωμένος είναι
και ο Δεσποτικός θρόνος (του 1703).
Στην νοτιοανατολική πτέρυγα του πρώτου ορόφου βρίσκεται το παρεκκλήσιο
της μεταμορφώσεως του Σωτήρος, βυζαντινού ρυθμού, με τέμπλο ξυλόγλυπτο "μεγάλης
αρχαιολογικής αξίας και άκρως λεπτότατης και απαράμιλλου τέχνης". Στον αύλιο
χώρο της Μονής υπάρχουν κρήνες, συντριβάνι, ναϊσκος και γύρω (στο ισόγειο) αποθήκες,
εργαστήρια, βοηθητικοί χώροι. Στη βορειοδυτική γωνία δωμάτιο με τζάκι, είδος "φωτανάματος".
Στον πρώτο όροφο είναι το ηγουμενείο, το αρχονταρίκι, ξενώνες, το παλαιό μαγειρίο
με τους φούρνους, η τράπεζα των μοναχών, τον υπόλοιπο χώρο των κτισμάτων καταλαμβάνουν
τα κελλιά, όπου παλαιότερα διέμειναν πολυάριθμοι μοναχοί. Σημαντικές
προσωπικότητες στη διαδρομή της μακρόχρονης ιστορία της αναφέρονται οι ηγούμενοι
Σεραφείμ και Ιάκωβος Κατερίνης (18ος αιώνας). Το 1829 και η Μονή Βροντιανήςσυμμετείχε
στη κάλυψη δαπάνης για τη συντήρηση και την λειτουργία των σχολείων του νησιού,
ενώ αργότερα πρωτοστάτησε στην ίδρυση της ιερατικής σχολής
Μαλαγαρίου,
του νοσοκομείου στο
Βαθύ,
του λεπροκομείου στο
Καρλόβασι
και των μουσικών σχολών στο Βαθύ, το Καρλόβασι, το
Μαραθόκαμπο
και τους
Μυτιληνιούς,
παρά το ότι απο το 1832 και ιδιαίτερα μετά το 1850 η ηγεμονική διοίκηση της Σάμου
ασκούσε ασφυκτικό έλεγχο στα Μοναστήρια του νησιού. Περί το τέλος του 19ου αιώνος
εισήλθε σε περίοδο κρίσεως και παρακμής. Η από του ύψους θέα της θαλλάσης, το
ερημικό τοπίο, η ζεστή φιλοξενία της Μονής σε προσκαλεί σε περισυλλογή και ανάπαυση.