Πάνω από οκτώ αιώνες στέκεται ο φάρος του παλιού λιμανιού των Χανίων. Το ύψος του πύργου του είναι 21 μέτρα, το εστιακό ύψος 26 μέτρα και το φως του φτάνει σε απόσταση 7 ναυτικών μιλίων. Είναι ο παλαιότερος που σώζεται μέχρι σήμερα, όχι μόνο των Ελληνικών παραλίων αλλά και της Μεσογείου κι ένας από τους παλαιότερους στον κόσμο.
Η ιστορία του συνδέεται με την ιστορία του λιμανιού. Το 1212μ.Χ. οι Ενετοί κατέκτησαν όλη την Κρήτη. Τότε αποφάσισαν να οικοδομήσουν μια νέα πόλη πάνω στην αρχαία Κυδωνία (τα σημερινά Χανιά). Το λιμάνι δεν είναι όλο φυσικό. Αρχίζει να κατασκευάζεται ανάμεσα στο 1320 και 1356 μ.Χ. το έργο συνεχίστηκε για τα επόμενα 200 χρόνια, οπότε κατασκευάστηκε και ο φάρος σε διαφορετική μορφή από τη σημερινή. Από το 1645 μέχρι το 1830 στην Κρήτη παρέμεναν Τούρκοι κατακτητές. Αυτοί δε χρησιμοποιούσαν το λιμάνι των Χανίων, αλλά αυτό της Σούδας. Έτσι με τα χρόνια ο φάρος καταστράφηκε αφού κανείς δεν φρόντιζε για την συντήρησή του.
Το 1830 οι Άγγλοι έδωσαν την Κρήτη στους Αιγυπτίους. Τότε έγιναν πολλά δημόσια έργα, ανάμεσα στα οποία ο καθαρισμός της λεκάνης του λιμανιού και η επισκευή του λιμενοβραχίονα Τότε κατασκευάστηκε και ο πρόβολος, ο πύργος δηλαδή του φάρου που υπάρχει μέχρι σήμερα και εδράζεται στην ενετική τραπεζοειδή βάση πάνω σε φυσικό βράχο, με τα αρχιτεκτονικά του στοιχεία συνδεδεμένα με την τοπική παράδοση, όπως αυτή διαμορφώθηκε από τα τέλη της Βενετοκρατίας και εξής. Σύμφωνα με τους εγκυρότατους Αγγλικούς "φαροδείκτες" του 1847 και 1859 ο φάρος αναστηλώθηκε - πάνω στην Ενετική βάση του - και το 1839 λειτούργησε με τη νέα για την εποχή τεχνολογία. Τα αρχιτεκτονικά στοιχεία μοιάζουν με αυτά των μιναρέδων, για αυτό και το μνημείο δεν κατατάσσετε σε κάποιον από τους τυποποιημένους πύργους των φάρων σε σχέση με την διατομή του. Είναι "φανός λιμένος" και αποτελείται μόνο από τον πύργο του φάρου, χωρίς την κατοικία των φυλάκων όπως οι υπόλοιποι επιτηρούμενοι φάροι. Ο πύργος του φάρου είναι κατασκευασμένος σε λίθινους πελεκημένους δόμους από λευκό ψαμμίτη. Το πάχος της λιθοδομής είναι 60 εκ. του μέτρου περίπου σε όλο το ύψος του πύργου. Στην κορυφή κάθε τμήματος του πύργου που αλλάζει η διατομή υπάρχει διάζωμα αντίστοιχης κάτοψης ενώ τα τμήματα κάτω από τα διαζώματα είναι διακοσμημένα με ανάγλυφα στοιχεία. Σε όλο το ύψος τους εσωτερικά υπάρχει κλίμακα από λιθοδομή που λειτουργεί και ως ελικοειδές στοιχείο ακαμψίας.
Το 1864 ο φάρος περιήλθε στην δικαιοδοσία της Γαλλικής Εταιρίας Οθωμανικών Φάρων και λειτούργησε με φωτιστικό μηχάνημα "κατοπτρικό Δ' τάξεως". Κατά το τέλος της τουρκικής κατοχής κατασκευάστηκε η σκάλα της ανατολικής πλευράς. Το περιμετρικό συμπαγές πέτρινο στηθαίο, το οκταγωνικό φυλάκιο με το μικρό τρούλο είναι νεότερες κατασκευές. Έχουν επίσης δημιουργηθεί αγωγοί μέσω των οποίων διέρχεται θαλάσσιο νερό κάτω από την επιφάνεια της βάσης του φάρου.
Ο φάρος των Χανίων προστέθηκε στο Ελληνικό Φαρικό Δίκτυο μετά την ένωση της Κρήτης με την Ελλάδα, το 1913.Σημειώνεται ότι οι φάροι της Κρήτης δεν αναφέρονται στον έγκυρο φαροδείκτη του Λυκούδη του 1914, διότι προφανώς δεν θα είχε ολοκληρωθεί η διαδικασία παράδοσης - παραλαβής τους από την Γαλλική Εταιρεία και το Ελληνικό Πολεμικό Ναυτικό.
Ο χανιώτικος φάρος λειτούργησε το 1933 ως φανός λιμένος "ερυθρός σταθερός", αλλά το 1941 το φωτιστικό του μηχάνημα καταστράφηκε από τους Γερμανούς. το οποίο και αποκαταστάθηκε αργότερα και ο φάρος επαναλειτούργησε το 1945. Το 1962 το φορτηγό πλοίο "Άφοβος" προσέκρουσε στη βορειοδυτική γωνία της βάσης του φάρου, που τμήμα της είχε ήδη καταρρεύσει, με αποτέλεσμα να αποκολληθεί το βόρειο τμήμα της τοιχοποιίας.