Η ίδρυση της Ιεράς Σταυροπηγιακής Μονής Χρυσοπηγής
ανάγεται στα τέλη του 16ου αι., δηλαδή κατά την τελευταία περίοδο της Βενετοκρατίας στην Κρήτη. Κτήτοράς της ήταν
ο Ιωάννης Χαρτοφύλακας, σημαντικός λόγιος και εξέχον πρόσωπο της κοινωνίας των Χανίων της εποχής εκείνης. Η Μονή
δημιούργησε μια πλούσια πνευματική παράδοση που συνεχίστηκε καθ’ όλη τη διάρκεια της Τουρκοκρατίας ως την έκρηξη της
ελληνικής επανάστασης. Το 1821 πυρπολήθηκε από τους Τούρκους, αναστηλώθηκε όμως και επανδρώθηκε εκ νέου κατά τη
διάρκεια του 19ου αι. Για δεύτερη φορά η μονή επλήγη στο Β΄ παγκόσμιο πόλεμο, οπότε μετατράπηκε σε διοικητήριο των
γερμανικών κατοχικών δυνάμεων. Η περίοδος μαρασμού που ακολούθησε έληξε το 1976, οπότε η μονή ανακαινίστηκε εκ θεμελίων
και μετατράπηκε σε γυναικεία.
Σήμερα η μονή παρουσιάζει μια πολύπτυχη πνευματική και περιβαλλοντική δραστηριότητα. Στα πλαίσια αυτά δημιουργήθηκε
και η έκθεση των δύο μουσειακών συλλογών της, της εκκλησιαστικής και λαογραφικής αντίστοιχα.
Η εκκλησιαστική συλλογή περιλαμβάνει ένα σημαντικό σύνολο φορητών μεταβυζαντινών εικόνων της περίφημης Κρητικής Σχολής
της αγιογραφίας, εκκλησιαστικά κειμήλια (σκεύη, σταυροί, ξυλόγλυπτα), καθώς και μια σημαντική συλλογή βιβλίων και χειρογράφων.
Τα εκθέματα της λαογραφικής συλλογής προέρχονται κατά κύριο λόγο από την περιοχή της λαϊκής τέχνης (παραδοσιακή κεντητική και στολές,
δείγματα κοσμικής ξυλογλυπτικής), αλλά και από τη σφαίρα του καθημερινού βίου (παραδοσιακά γεωργικά εργαλεία, κλπ).
Από τα σημαντικότερα εκθέματα του Μουσείου είναι:
• Οι φορητές εικόνες του παλιού τέμπλου που κάηκε το 1821. Πρόκειται για τις εικόνες του Χριστού Παντοκράτορος, του Αγίου Βασιλείου,
του Αγίου Νικολάου (έργο του Εμμανουήλ Σκορδίλη), της Κοιμήσεως της Θεοτόκου, του Αρχαγγέλου Γαβριήλ και του Χριστού ως Αμπέλου, όλα έργα
της Κρητικής Σχολής. Η παλιότερη εικόνα χρονολογείται στις αρχές του 15ου αι.
• Δείγματα εκκλησιαστικής χρυσοκεντητικής του 18ου-19ου αι.
