΄Εγγραφες μαρτυρίες για τη μονή
υπάρχουν από το 1400. Υπήρξε από τα σπουδαιότερα μοναστικά και πνευματικά κέντρα της Κρήτης, γνωρίζοντας ιδιαίτερη
άνθηση κατά το 16ο και 17ο αιώνα. Κατά την επανάσταση του 1866 πρόσφερε καταφύγιο σε Κρήτες επαναστάτες, γεγονός
που προκάλεσε τουρκικά αντίποινα, οπότε και η μονή υπέστη σημαντικές φθορές.
Το καθολικό της μονής είναι δίκλιτος
ναός αφιερωμένος στον ΄Αγιο Αντώνιο και τον Απόστολο Θωμά. Το βόρειο κλίτος είναι μεταγενέστερο. Σώζει τοιχογραφίες
και φορητές εικόνες του 15ου αιώνα μοναδικής τέχνης. Σύμφωνα με μια παράδοση στη μονή Βροντησίου μόνασε ο μεγάλος
Κρητικός ζωγράφος Μιχαήλ Δαμασκηνός. Οι σημαντικότερες εικόνες που φιλοτέχνησε για τη μονή εκτίθενται σήμερα στο
μουσείο της μονής της Αγ. Αικατερίνης των Σιναϊτών.
Στην είσοδο της Μονής υπάρχει μνημειώδης κρήνη
του 15ου αιώνα, με ανάγλυφη απεικόνιση των Πρωτοπλάστων.
Στερεωτικές και αναστηλωτικές επεμβάσεις έχουν γίνει στο καθολικό και στα κελλιά της Μονής. Επίσης έχει
γίνει στερέωση και συντήρηση των τοιχογραφιών.
