Ο κλειστός πολεμικός λιμένας της Σάμου βρίσκεται στο ανατολικό άκρο
της αρχαίας πόλεως, που ήταν στη θέση του σημερινού Πυθαγορείου.
Η δομή του δεν διαφέρει καθόλου από αυτή του λιμανιού της Θάσου,
αφού και εδώ έχει δημιουργηθεί από την προέκταση των τειχών μέσα στη θάλασσα.
Η εξερεύνηση του "κλειστού" πολεμικού λιμένα έχει διαρκέσει μόνο τρεις
περιόδους και βρίσκεται σε εξέλιξη. Τα χρόνια αυτά διερευνήθηκε και αποτυπώθηκε
επιμελώς το επονομαζόμενο "το χώμα" του Ηροδότου, δηλαδή ο "Πολυκράτειος" μώλος,
που χρονολογείται το 530 π.Χ. και θεωρείται ως ένα από τα τρία μεγαλεπήβολα έργα
του τυράννου μαζί με το Ευπαλίνειο
όρυγμα και το Ηραίο.
Ένας αντίστοιχος μώλος (κυματοθραύστης) αποκαλύφθηκε και ερευνήθηκε
στη βόρεια πλευρά του λιμανιού, ενώ και οι δύο φαίνεται να αποτελούν μία επιπλέον
ασπίδα προστασίας από τις εχθρικές επιθέσεις αλλά και τις καιρικές συνθήκες στα
επιθαλάσσια τείχη.
Στόχος της συνεχιζόμενης έρευνας είναι η αποκάλυψη των νεωρίων, που
όπως αναφέρεται στον Ηρόδοτο, οικοδομήθηκαν επί της τυραννίας του Πολυκράτη και
ο προσδιορισμός της εισόδου του κλειστού λιμένα.
